Все программное обеспечение вычислительной системы nCUBE2 находится в файловой системе хост-компьютера и содержит следующие компоненты [13].

1) Средства, обеспечивающие выполнение параллельных программ на nCUBE2:

• операционная система nCX - компактное (~128 Kb) оптимизированное UNIX-подобное микроядро, которое загружается в каждый процессор nCUBE2 и в процессоры ввода-вывода во время инициализации системы (по команде nboot);
• драйвер взаимодействия nCUBE2 с хост-компьютером, функционирующий на интерфейсном модуле хост-компьютера;
• утилиты системного администрирования, запускаемые на хост-компьютере для начальной инициализации системы, тестирования, контроля состояния и остановки системы;
• набор драйверных программ, загружаемых в процессоры ввода/вывода для обслуживания периферийных устройств;
• набор стандартных UNIX-утилит, исполняемых на nCUBE2 (ls, cp, mkdir и т.д.).

2) Средства подготовки и запуска параллельных программ на nCUBE2:

• кросс-компиляторы с языков C и FORTRAN77, вызываемые утилитой ncc;
• загрузчик параллельных программ xnc;
• профилировщики параллельных программ xtool, ctool, etool, nprof;
• отладчики параллельных программ ndb и ngdb;
• набор системных вызовов для загрузки и запуска параллельных slave- (ведомых) программ из master- (головных) программ, исполняющихся либо на хост-компьютере, либо на мультипроцессоре nCUBE2 (семейство функций rexec).

3) Набор библиотек:

• библиотека параллельных подпрограмм;
• математические библиотеки, в том числе BLAS;
• библиотека интерфейса хост-компьютера с nCUBE2.